Тысячу лет назад неизвестная раса Гауна уничтожила Солнечную систему. Эти гигантские, практически неуязвимые существа не обладали разумом. Выжившие земляне покинули Солнечную систему на космических кораблях «Сидония», благодаря чему человеческий род был спасён. В своих странствиях по космосу, спасаясь от преследования инопланетных существ, люди научились создавать пилотируемые механизмы для собственной защиты. Вся жизнь Нагатэ Таникадзэ прошла в одиночестве на космическом корабле. После того как его обнаружили, стало ясно, что он обладает талантом управлять боевыми механизмами. Он начал учиться пилотированию и теперь вместе с коллегами-пилотами ведёт тяжёлую и опасную войну против Гауна, сражаясь за выживание человечества.