Пришельцы Гауна — страшная угроза, нависшая над человечеством. Спасаясь от преследования ужасных врагов, люди отправились в космос на корабле «Сидония» в поисках нового дома. Рыцари-пилоты защищают корабль, но Нагатэ Таникадзэ, один из лучших пилотов, понимает, что пришельцы постепенно одерживают верх. Товарищи гибнут, а новое оружие быстро получает отпор. Если ничего не предпринять, враг победит. В отчаянной ситуации требуются отчаянные действия. Военные и учёные создают химеру на основе забытых знаний. Имя ей — Цумуги Сирауи. Существо с телом Гауна и личностью человека теперь помогает в битвах, но не все одобряют это решение. Так или иначе, на пути к новому дому землян стоит ещё много препятствий.